根据实时RT-PCR和测序，美国疾病控制与预防中心在症状出现当天采集的结膜和鼻咽拭子标本中确认了高致病性禽流感甲型（H5N1）病毒感染。没有其他临床标本可用于流感检测。尽管从鼻咽拭子标本中纯化的病毒RNA（循环阈值[Ct]值，33）产生的PCR扩增子不足以进行测序，但结膜拭子标本的完整基因组序列（Ct值，18）证实该病毒属于进化枝2.3.4.4b（基因型B3.13），并且从结膜和鼻咽拭子标本中成功分离出的病毒产生了相同的病毒。所有基因片段都与2024年3月在德克萨斯州奶牛中检测到的病毒和在德克萨斯州周边野生鸟类中检测到的其他基因型B3.13病毒密切相关（补充附录中的图S1，可与本信全文一起在 NEJM.org 上获得）。该工人暴露的农场中疑似受感染的牛的序列数据无法用于分析。
来自牛和工人的病毒序列主要保持禽类遗传特征，并且缺乏会影响受体结合特异性（例如，与主要位于人类上呼吸道的α2-6连接的唾液酸受体结合）和传播给人类的血凝素基因的变化。在工人标本中发现的病毒（PB2 E627K）与病毒对哺乳动物宿主的适应有关，以前在感染甲型H5N1高致病性禽流感病毒和其他甲型禽流感病毒亚型（包括甲型H7N9）和甲型H9N2）的人类和其他哺乳动物中检测到。未发现与降低对美国食品和药物管理局批准的流感抗病毒药物的易感性相关的遗传标记。补充附录中提供了其他结果以及对调查结果、未回答的问题、建议和参考文献的解释和讨论。发现该病毒的血凝素与现有的两个分支2.3.4.4b A（H5N1）候选疫苗病毒密切相关。由于甲型H5N1流感病毒具有大流行潜力，因此这些候选疫苗病毒可供制造商使用，并在需要时用于生产疫苗。