侵袭性肺炎球菌疾病有两种主要的临床综合征:菌血症(血流感染)和脑膜炎(大脑周围脑膜的感染)。它们都是由相同的细菌感染引起的，但产生不同的体征和症状。
肺炎球菌肺炎是由肺炎球菌感染引起的最常见疾病。据估计，美国每年有400，000人因肺炎球菌肺炎住院治疗。
肺炎球菌肺炎可与菌血症和/或脑膜炎(侵袭性肺炎球菌肺炎)合并发生，也可单独发生(非侵袭性肺炎球菌肺炎)。非侵袭性肺炎球菌肺炎可能很严重。症状包括突然发热、寒战或寒战、胸痛、咳嗽、气短、呼吸和心率加快以及虚弱。死亡率为5%-7%，在老年人中可能更高。大约25%-30%的肺炎球菌肺炎患者会出现肺炎球菌菌血症。
在美国，每年大约发生4000例无肺炎的肺炎球菌菌血症。菌血症是两岁以下儿童最常见的临床表现，占该年龄组侵袭性疾病的70%。
在美国，50%的细菌性脑膜炎病例是由肺炎球菌引起的。每年估计有2000例肺炎球菌脑膜炎。症状和体征可能包括头痛、疲劳、呕吐、易怒、发烧、癫痫发作和昏迷。肺炎球菌脑膜炎的病死率在儿童中约为8%，在成人中约为22%。永久性神经损伤在幸存者中很常见。