尽管许多活疫苗禁忌用于免疫抑制的个体(参见Chapter 6:禁忌症和特殊注意事项)、免疫抑制和HIV感染(不考虑CD4计数)的个体应按照国家建议接种所有灭活疫苗。然而，这些个体可能不会产生与免疫活性个体一样好的抗体反应。由于免疫抑制的个体，包括那些患有补体疾病的个体，特别容易受到某些感染，因此应提供额外的疫苗(见下文)。免疫抑制个体的家庭和密切接触者也可能需要额外的疫苗(见下文)。
在可能的情况下，免疫抑制或HIV阳性个体的免疫接种或加强应在免疫抑制发生前进行，或推迟至免疫功能改善后进行。任何疫苗接种的最佳时机应基于对快速保护的相对需要和可能的反应的判断。对于即将开始免疫抑制治疗的个体，理想情况下应在开始治疗前至少两周注射灭活疫苗。在某些情况下，这是不可能的，因此疫苗接种可以在任何时候进行，并在治疗结束和康复后考虑重新免疫。
严重免疫抑制个体接种疫苗后的长期抗体水平数据有限。根据患者的基础状况，应考虑额外的加强剂量。在接受骨髓移植的患者中，移植前因暴露或接种疫苗而产生的任何保护性抗体都有可能丢失，目前还不清楚受者是否获得了供者的免疫力。所有这样的人在治疗结束后都应该考虑重新免疫。可能需要专家的建议。
一些新的生物疗法，如用于自身免疫疾病的疗法，是针对免疫系统某些成分的单克隆抗体。因此，使用生物制剂的患者可能会增加某些感染的风险，或者可能对疫苗接种反应较差，应考虑进行额外的疫苗接种。