微生物和人类之间有着密切的联系。专家认为，大约一半的人类DNA起源于病毒，这些病毒感染了病毒并将其核酸嵌入我们祖先的卵子和精子细胞中。
微生物占据了我们所有的身体表面，包括皮肤、肠道和粘膜。事实上，我们体内的细菌细胞至少是人类的10倍，模糊了微生物的终结和人类的起源之间的界限。仅人类胃肠道中的微生物就包含至少10万亿种生物，代表1000多个物种，这些生物被认为可以防止肠道被致病生物定植。在其他有益作用中，微生物合成维生素，将食物分解成可吸收的营养物质，并刺激我们的免疫系统。
绝大多数微生物将自己确立为持久的“殖民者”，在我们体内和身体的复杂群落中茁壮成长。在许多情况下，微生物在不伤害我们的情况下获得好处;在其他情况下，宿主和微生物都受益。