美国传染病学会（IDSA）与美国微生物学会（ASM）2024年更新版《传染病诊断微生物实验室使用指南》∗

微生物学实验室政策手册应随时可供所有医务人员查阅或参考，尤其应鼓励护理人员查阅手册中关于标本采集与管理的部分。这有助于实验室凭借其微生物学专业知识与标本采集人员开展协作——标本采集人员往往对建立或确诊诊断所需的微生物学要求知之甚少。

欢迎并将微生物学实验室作为医疗团队的重要组成部分开展合作，鼓励医院或实验室机构配备驻场或可随时联系的委员会认证实验室专家，以优化传染病的实验室诊断工作。

如何使用本文档

该文档的全文可在线获取，按身体系统进行编排，尽管许多微生物都可能在多个身体系统中致病。由于部分微生物倾向于感染多个部位，文中可能会对其进行重复提及。本文档的一大特色是能帮助临床医生对可能引发特定疾病类型的病原体做出明确怀疑。另一大特色是，在大多数章节中，都有针对疾病诊断分析的标本选择与采集的针对性建议和注意事项。在每个章节内，均设有表格，详细说明了针对各类疑似致病病原体的标本采集要求。表格中的检测方法按照作者和评审专家的建议，以优先顺序列出。在某些情况下，所列检测方法的实用性基本相当，因此无法区分其优劣。

当某一时间段（例如2小时）规定为室温（RT）时，除非该章节另有说明，否则样品在该时间段后需进行冷藏处理。几乎所有病毒检测标本均需在湿冰条件下运输，若检测延迟超过48小时，则需在-80℃下冷冻；不过，若能确保在2小时内快速送至实验室，病毒运输培养基中的标本可在室温下运输。

历史与最新进展

本文件首次发布于2013年，2018年推出了更新版本。当前的2024版提供了新的知识，探讨了新的感染类型，并提出了新的实验室检测流程，以助力确认传染病的致病原因。自2018年发布以来，我们经历了新冠病毒大流行，这一事件不仅改变了临床医生对患者的评估方式，也让实验室在资源、人员和物资供应面临挑战的情况下，调整了诊断方法的研发思路。我们见证了猴痘疫情的暴发、蜱传新发感染的出现，以及耳念珠菌等常见与罕见病原体的持续出现，这些病原体的检测既需要实验室采用血清学或分子生物学方法，也依赖于精准的临床诊断与干预。此外，复杂的微生物耐药机制不断涌现，进一步增加了临床与实验室工作的复杂性。因此，相关文献中涌现出大量新数据，亟待被纳入研究与实践中。

本指南的目的有两方面：（1）确保临床医生充分理解微生物学实验室的独特需求和服务，以助力其临床诊断工作；（2）让实验室人员了解重症感染对患者的医学影响，以支持临床干预措施的实施。正是这种思路，以及对临床和实验室相关问题的深入理解，使得本文件对医生和实验室人员而言都具有独特的价值。

本文件已获美国感染病学会（IDSA）和美国微生物学会（ASM）认可。本文件并非美国感染病学会的官方指南，而是一份权威指南，其中包含了在感染病诊断中利用微生物学实验室的相关建议。它是临床医生与实验室专家的合作成果，旨在通过优化实验室的使用，为患者带来良好的治疗效果。本文件中使用的“推荐”一词，并非指南中那种有分级的建议，而是指推荐采用或适用的方法。由于诊断微生物学是一门动态且快速发展的学科，本文件未来预计会进行修订。尽管本文件的相关章节已纳入儿科相关内容，但读者如需了解儿科诊疗的详细方法，可参考美国儿科学会发布的《儿科临床实践指南与政策》第19版以及《红皮书》（2021年版）。

二、血流感染与心血管系统感染

血流感染与感染性心内膜炎

血流感染（BSIs）的诊断是临床微生物实验室最关键的工作之一。对于绝大多数血流感染病原体，传统血培养方法可在24–48小时内出结果；若采用现代化的自动化连续监测血培养系统和培养基，很少需要超过5天的培养时间[3、4]。这包括苛养菌的检出，如HACEK（嗜血杆菌属、聚集杆菌属、心杆菌属、艾肯菌属）和金氏菌属细菌以及布鲁氏菌属菌种[5、6]。已有数种嗜血杆菌属菌种被重新归类至聚集杆菌属。部分微生物，如痤疮丙酸杆菌、分枝杆菌和双相型真菌，需要更长的培养时间以及特殊的培养基或非培养类检测方法（DOI: 10.1016/j.cmi.2016.12.026）。尽管丝状真菌通常需要特殊肉汤培养基或特殊标本处理方式（如裂解离心法）来实现检测，但大多数念珠菌属菌种可在标准血培养肉汤中生长，除非患者已接受抗真菌治疗。遗憾的是，疑似念珠菌血症患者的血培养中，近半数患者无法获得阳性结果。表2总结了大多数血流感染的诊断方法。

血培养采集

对于大多数感染性心内膜炎的病原体，常规血培养方法即可满足需求 [5</b>、6</b>、9]。但部分罕见病原体无法通过现有血培养方法检测出来。巴尔通体</b>属和伯氏考克斯体通常可通过常规血清学检测确诊 [8、10]。不过，检测这些病原体以及其他病原体（如惠普尔养障体）可能需要采用分子扩增方法。在极少数血培养阴性的心内膜炎病例中，16S聚合酶链式反应（PCR）和DNA测序以及瓣膜组织培养有助于确定病原体。

每次血培养（也称为血培养套装，包含从单次静脉穿刺或一次导管采血获取的所有培养瓶）的采血量，是从血流感染患者体内分离细菌和真菌时最重要的变量[3、4、9、11、12]。对于成人，推荐每套血培养采集20–30毫升血液，根据检测系统的不同，可能需要接种超过2个培养瓶[4]。需同时接种需氧瓶和厌氧瓶。对于儿童，应采集与年龄和体重相匹配的血量进行培养[表3]。第二个重要的决定因素是在一次脓毒症发作期间进行的血培养套装数量。通常，对于疑似血流感染（BSI）的成人，每次脓毒症发作应向实验室提交2份（有时为3份）血培养（即血培养套装）进行检测，采集超过2份培养物的核心考量因素仍是采血量[9、13]。

通常无需间隔采集血培养样本，因此两份血培养样本应通过不同的静脉穿刺依次采集。

被污染的血培养瓶较为常见，会给医疗系统造成成本负担，也常让临床医生感到困惑。为最大程度降低血培养被共生皮肤微生物群污染的风险，静脉穿刺前的皮肤准备工作需格外谨慎。此外，已有相关产品可将最可能含有皮肤污染物的前几毫升血液引流并丢弃。共识指南[4]和专家小组[3]基于相关数据推荐采用外周静脉穿刺作为获取血培养血液的首选方法，数据显示，这种方式获取的血液比从血管内导管或其他装置获取的血液污染概率更低。多项研究已证实，作为血培养皮肤消毒剂，碘酊、过氧化氯和葡萄糖酸氯己定（CHG）的效果优于聚维酮碘制剂[3、4]。碘酊和葡萄糖酸氯己定发挥杀菌作用约需30秒，而聚维酮碘制剂则需1.5至2分钟[3]。近期两项研究表明，碘酊与葡萄糖酸氯己定的污染率相当[14、15]。不建议对2个月以下婴儿使用葡萄糖酸氯己定，推荐先使用聚维酮碘，再使用酒精。

采血过程中被皮肤微生物群污染的血培养较为常见，但实验室应能将污染率控制在3%以下，在采用最佳操作规范时目标污染率可达1%[4]。实验室应制定相关政策和程序，对常见血培养污染物（如凝固酶阴性葡萄球菌、白喉杆菌、芽孢杆菌属中非炭疽芽孢杆菌的菌种）简化检测流程并出具报告。这些程序可包括对该微生物的简化鉴定、不进行药敏试验，以及添加注释提示临床医生，若培养结果被认为具有临床意义且需进一步检测和药敏结果，应联系实验室。

当血培养结果呈阳性时，实验室应通过电话、自动传呼等方式实时通知医生，因为血流感染通常属于危及生命的情况。若医生希望在特定时段不接收通知，须安排指定的医疗专业人员接听电话并转达该报告。

基于核酸的检测可实现多重检测，能鉴定出血液培养中最常见的细菌和真菌。此类检测多数还可检测抗菌药物耐药性标志物和/或进行表型药敏试验。结果需结合检出的病原体进行解读。其他非核酸类方法（如基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱，MALDI-TOF MS）已被用于直接从阳性血液培养中鉴定细菌和真菌。这些检测可在1-3小时内完成病原体鉴定[4]。

血管导管相关感染

导管相关血流感染的诊断通常属于排除性诊断，目前尚无诊断的微生物学金标准。尽管已有多种不同的微生物学诊断方法被报道，但现有数据尚无法就这些不同诊断技术的相对优劣得出确切结论[7、16-19]。导管相关血流感染诊断的核心是证实菌血症的存在。当留置导管片段或导管尖端培养呈阳性但血培养为阴性时，其临床意义尚不明确。诊断的另一关键环节是证明感染由导管引起，这通常需要排除血流感染的其他潜在原发灶[19]。

已报道多种导管培养的诊断技术，这些技术可能为导管相关血流感染提供辅助证据；然而，所有方法均存在潜在缺陷，导致结果解读存在困难 [20]。所报道的方法包括以下几种：

• 标准血培养（BCs），即一份取自导管或输液港、一份取自外周静脉穿刺，在连续监测血培养系统中进行处理。若两份血培养均生长出同一种病原体，且取自导管的血培养比静脉穿刺血培养早2小时以上呈阳性，则导管相关血流感染的可能性极高[16，21]。

• 导管尖端或节段培养。Maki 等人的半定量法[18]最为常用，但解读该结果需配合外周血培养结果。不过，该方法需要精细操作以减少污染，并获取长度为 5 厘米的导管远端尖端。此方法仅能检测定植于导管外部的微生物，将导管尖端在平板琼脂上滚动后计数菌落数；而可能存在于管腔内的微生物则会被遗漏。已有研究对 Maki 法进行了改良，也出现了利用导管尖端涡旋处理或管腔刷取的检测方法。导管尖端形成的生物膜会阻碍抗菌治疗清除生物膜内的病原体，因此需拔除导管才能彻底清除致病菌。

拔除导管时对静脉导管尖端进行常规培养无诊断价值，不应开展此项操作。

感染性（真菌性）动脉瘤与血管移植物感染

感染性（真菌性）动脉瘤和血管移植物感染（表4）通常会导致血培养呈阳性。明确诊断需要通过显微镜观察和/或从代表性活检组织或移植物材料中分离出病原体并进行培养。

心包炎与心肌炎

多种病毒、细菌、立克次体、真菌和寄生虫均被认为是心包炎和心肌炎的致病原。在许多心包炎患者以及绝大多数心肌炎患者中，始终无法做出病因学诊断，这类患者需接受经验性治疗。但在特定情况下，应积极进行微生物学诊断，因为明确感染的具体病因具有重要的临床意义（表5）。下文表格将对一些较为常见且临床意义重大的病原体进行阐述。当需要对少见致病原做出微生物学诊断时，尤其是可能需要采用特殊技术或方法（如16S核糖体PCR）时，应咨询实验室负责人。从致病原和疾病表现来看，心包炎与心肌炎之间存在相当大的重叠（详见下文）。

三、中枢神经系统（CNS）感染

以下概述了对确立中枢神经系统感染病因诊断具有价值的临床微生物学检测。本节将感染分类如下：脑膜炎、脑炎、脑实质局灶性感染、中枢神经系统分流感染、硬膜下积脓、硬膜外脓肿以及化脓性颅内血栓性静脉炎。

生物体通常通过穿过黏膜屏障进入血液，随后穿透血脑屏障的方式进入中枢神经系统。其他感染途径包括从邻近结构直接扩散、沿神经移动，或通过外来装置侵入。

通常通过腰椎穿刺收集3至4管脑脊液（CSF）用于诊断检查。第一管受皮肤微生物污染的可能性最高，不得送至微生物实验室进行直接涂片、培养或分子检测。采集后应立即将至少0.5至1毫升脑脊液置于无菌容器中送至微生物实验室，进行细菌革兰染色和培养检测。更大体积（5至10毫升）可提高培养的灵敏度，且是分枝杆菌和真菌最佳检出的必要条件。当标本体积无法满足多项检测需求时，临床医生需向实验室明确检测优先级。应尽可能在启动抗菌药物治疗前采集培养标本。

脑脊液革兰染色应在细胞离心后进行，阳性结果需立即通知患者护理区域。除非怀疑采集或处理过程中存在污染，否则常规对培养物中分离出的细菌进行鉴定和药敏试验。

大多数临床微生物实验室不会开展表格中列出的所有检测，血清学检测以及多数分子诊断检测的开展情况尤为如此。美国食品药品监督管理局（FDA）批准的核酸扩增试验（NAATs）在多种病原体检测中的可及性有限，这就需要使用实验室自主研发的检测，而这类检测的灵敏度和特异度存在差异。针对单一靶点设计的核酸扩增试验可能比多重检测法灵敏度更高。美国食品药品监督管理局批准的一款可检测14种病原体的多重聚合酶链反应（BioFire FilmArray，简称FA），用于诊断脑膜炎和脑炎（FA-ME），仅可作为培养及其他常规检测方法的辅助手段，因为该检测会出现假阴性（如隐球菌）和假阳性（如肺炎链球菌、无乳链球菌、流感嗜血杆菌）情况[22-26]。两项针对FA-ME的系统评价和荟萃分析指出，该检测对部分靶点的检出效果欠佳（如单核细胞增生李斯特菌、流感嗜血杆菌、大肠埃希菌、单纯疱疹病毒），并探讨了低患病率疾病的检测如何导致假阳性结果[27，28]。对于人类疱疹病毒6型（HHV-6）这类通常无临床意义的潜伏病毒，仅在患者存在免疫缺陷且有影像学和实验室检查结果支持诊断时才需警惕，解读综合征检测组合结果时需格外谨慎[29，30]。是否开展综合征检测组合、对哪些患者进行检测以及如何确认检测结果，仍是争议话题，各机构应与相关利益相关者就此展开讨论[31-33]。下一代测序技术的成本及数据解读难题，使其仅在最常见病因被排除后，才用于严重感染的检测[34]。在血清学检测有效的临床场景中，诊断可基于脑脊液与血清抗体指数、急性期至恢复期免疫球蛋白G（IgG）滴度呈4倍升高，或单次免疫球蛋白M（IgM）阳性结果。脑脊液中检测到抗体可能提示中枢神经系统感染、血液污染，或抗体通过血脑屏障转移。建议采集急性期（症状出现后3-10天）和恢复期（急性期后2-3周）的血清样本，血清应尽快与红细胞分离。

脑膜炎

急性脑膜炎最常见的病原体为病毒（肠道病毒和副肠道病毒）和细菌（肺炎链球菌和脑膜炎奈瑟菌）（表6）。患者年龄及其他因素（即免疫状态、神经外科术后、外伤）与特定病原体相关。

分子检测已取代病毒培养用于肠病毒性脑膜炎的诊断，但常规不依赖其检测脑脊液中的细菌（需开具革兰染色和细菌培养检查）。未接受抗菌治疗的患者中，革兰染色诊断细菌性脑膜炎的敏感度为60%~80%，接受过治疗的患者则为40%~60%[35]。脑脊液细菌抗原检测已不再推荐，不应开具该检查，实验室也不得提供此项服务。早期曾有错误观点认为，对于标本采集前已接受治疗、且革兰染色和培养结果均为阴性的患者，脑脊液特定抗原检测可能具有一定价值[36]，但目前已不再推荐该做法。对于疑似细菌性脑膜炎的患者，还需至少采集2~4套血培养标本，但不应因此延误治疗。

预计可引起慢性脑膜炎（症状持续≥4周）的病原体包括结核分枝杆菌、真菌和螺旋体（表6）。由于核酸扩增试验（NAAT）对非呼吸道标本中结核分枝杆菌的检测灵敏度可能较低，因此也应申请培养检测[37、38]。据报道，培养法诊断结核性脑膜炎的灵敏度为25%~70%[39]。当使用大体积（≥5毫升）脑脊液进行检测时，抗酸杆菌涂片和抗酸杆菌培养的检出率最高。隐球菌抗原试验已取代印度墨汁染色，用于快速诊断由新型隐球菌或加蒂隐球菌引起的脑膜炎，且该试验在大多数实验室中都应可便捷开展。该试验对脑脊液的检测灵敏度高于血清。隐球菌抗原试验的灵敏度和特异度均超过90%，但可能出现假阴性和假阳性结果（a）。由于直接真菌涂片和培养结果常为阴性，建议检测脑脊液中的抗球孢子菌抗体和球孢子菌抗原以诊断球孢子菌性脑膜炎（b）。

脑炎

脑炎是一种脑实质感染，会导致脑功能异常（意识状态改变、行为或言语障碍、感觉或运动功能缺损）。尽管中枢神经系统感染诊断的分子技术不断进步，但脑炎的病原体往往难以明确。1998年至2005年纳入的1570名免疫功能正常患者中，加州脑炎项目仅为16%的患者明确了确定或可能的病原体（69%为病毒性、20%为细菌性、7%为朊病毒、3%为寄生虫性、1%为真菌性）；另有13%的患者被检出可能病因[40]。免疫状态、旅行史及其他暴露史（昆虫、动物、水源、性接触）应指导检测选择。美国感染病学会（IDSA）的实践指南详细列出了与特定病原体相关的危险因素[41]。

虽然特定病毒病因的诊断通常基于脑脊液检测，但对从其他部位采集的标本进行检测可能也有帮助。最常被鉴定为引起脑炎的病毒是单纯疱疹病毒（HSV），其中90%为1型单纯疱疹病毒（HSV-1）。脑脊液核酸扩增试验（NAAT）检测单纯疱疹病毒性脑炎的灵敏度和特异度均大于95%；早期数据显示，仅不到5%的病例可从脑脊液中培养出单纯疱疹病毒[42、43]。单纯疱疹病毒核酸扩增试验假阴性的相关报告，是建议在仍怀疑单纯疱疹病毒性脑炎时，于3-7天后再次采集脑脊液标本进行复检的依据[41、44]。脑脊液核酸扩增试验检测肠道病毒性脑炎的灵敏度大于95%，培养法的灵敏度则为65%-75%（从咽喉或粪便中分离出病毒仅为间接病因学证据）[43]。建议对幼儿加做针对帕奇病毒的特异性核酸扩增试验[44]。由于针对其他病毒性脑炎病因的分子检测性能特征尚未明确，可能需要进行血清学检测和重复分子检测（表7）。

脑实质局灶性感染

局灶性脑实质感染以脑炎为起始，随后进展为伴有纤维包膜的坏死灶。其发病机制主要分为两大类：（1）直接蔓延（如中耳炎、鼻窦炎、乳突炎及牙科感染）、外伤、神经外科手术并发症；或（2）远处感染灶的血行播散（如皮肤、肺部、盆腔、腹腔、食管感染及心内膜炎）。免疫功能正常者的脑脓肿通常由细菌引起（表8）。免疫功能低下者则可能感染多种病原体。

中枢神经系统分流感染

分流术用于转流脑脊液以治疗脑积水。近端部分置入脑室内、颅内囊肿内或蛛网膜下腔（腰区）。远端部分可内化（腹腔、血管或胸膜腔）或外化。4%至17%的分流术会发生感染（表9）[50]。分流感染的潜在途径包括置入时的污染、远端部分的污染（逆行）、分流处皮肤破损以及血行播散。若分流术终止于血管腔（脑室心房分流术），也应采集血培养。大多数中枢神经系统分流感染由细菌引起。真菌更易在免疫功能低下患者以及接受全胃肠外营养、类固醇或广谱抗生素治疗的患者中引发分流感染。除非患者出现中枢神经系统感染症状，否则不应在移除分流管或引流管组件后进行培养[50]。

硬膜下积脓、硬膜外脓肿及化脓性颅内血栓性静脉炎

颅内硬膜下积脓和颅内硬膜外脓肿是神经外科急症，通常由细菌（链球菌、葡萄球菌、需氧革兰氏阴性杆菌、厌氧菌，多为多菌种感染）引起（表10）。分枝杆菌和真菌为罕见病因。易感因素包括鼻窦炎、中耳炎、乳突炎、神经外科手术、头部外伤、硬膜下血肿以及脑膜炎（婴儿患者）。

脊髓硬膜外脓肿的发病机制包括血行播散（皮肤、尿路、口腔、乳突、肺部感染）、直接蔓延（椎骨骨髓炎、椎间盘炎）、外伤或术后并发症（手术、活检、腰椎穿刺、麻醉）。脊髓硬膜外脓肿通常由葡萄球菌、链球菌、需氧革兰氏阴性杆菌和厌氧菌引起。诺卡菌属、分枝杆菌和真菌也可能引发脊髓硬膜外脓肿。脊髓硬膜下积脓在临床表现和致病菌方面与脊髓硬膜外脓肿相似。

磁共振成像（MRI）是化脓性颅内血栓性静脉炎的最佳诊断方法。病原体可从脑脊液和血培养中检出。致病菌与颅内硬膜外脓肿及颅内硬膜下积脓的致病菌相似。经验性抗菌治疗通常基于诱发的临床病情。

四、头颈部软组织感染

发生于头颈部的各类间隙和组织感染，可分为牙源性、口咽源性或外源性感染所致的类型[51]。头颈部软组织感染的鉴别诊断通常包括咽炎、中耳炎和鼻窦炎，相关内容在第七节中阐述。牙源性感染多由牙周或牙龈厌氧微生物群引起[52]。这类感染包括扁桃体周围脓肿、咽脓肿、咽后间隙、咽旁间隙、颌下间隙和舌下间隙等深部间隙脓肿、牙脓肿以及颈淋巴结炎[53，54]。牙源性感染的并发症可通过血行播散或直接蔓延发生，进而引发脓毒性颈静脉血栓性静脉炎（伦德雷尔综合征）、细菌性心内膜炎、颅内脓肿或急性纵隔炎[55，56]。准确的病因诊断需通过穿刺抽吸或切开引流获取感染组织及间隙的炎性物质，同时避免黏膜微生物群的污染[57，58]。标本应置于厌氧转运容器中，以确保厌氧菌和需氧菌均能被成功培养[57]。所有培养检测申请均应附带革兰染色涂片申请，因为革兰染色结果可让检验人员通过识别炎性细胞评估标本的合格性，提供早期的初步病因诊断，并能提示混合需氧菌与厌氧菌感染的形态学特征[59]。此外，螺旋体以及部分参与牙源性感染的厌氧病原体（如坏死性龈炎，亦称战壕口炎和文森特咽峡炎）无法在常规厌氧培养中被检出，但会在革兰染色涂片中被观察到[60]。靶向核酸扩增试验的使用能在大多数标本中检出比培养法更多的厌氧菌种类，但该方法并不适合常规应用，因为额外的检测信息不会对诊断或抗菌药物的选择产生影响[61]。

口咽部微生物群引起的感染包括会厌炎、乳突炎、唾液组织炎症和化脓性腮腺炎[51、62]。由于会厌炎发作时会厌可能出现剧烈肿胀，若对会厌造成刺激（例如试图采集拭子标本），则有可能引发气管突然阻塞。血培养（需包含需氧和厌氧培养基）是诊断会厌炎的首选样本，在40例确诊会厌炎病例（包括接种和未接种流感嗜血杆菌b型（Hib）疫苗的儿童）中，血培养阳性率达70%；在79例未接种Hib疫苗的成人会厌炎患者中，血培养阳性率为27%[63、64]。若尝试对会厌进行拭子采样，必须在具备完善应急处置条件的环境中进行[65]。 口咽部微生物群也可蔓延至中耳和乳突组织[51、66]。抽吸物、密闭腔隙的生理盐水灌洗液以及组织或组织刮取物为首选标本，且必须使用无菌容器运送。小块组织在运送过程中需保持湿润，可通过滴加数滴无菌、无抑菌剂的生理盐水来实现。 化脓性腮腺炎的采样方式为先从腮腺排出脓液，再通过抽吸收集。拭子采样易受邻近细菌微生物群的污染，但用于腮腺炎病毒核酸扩增试验（NAAT）的拭子却是首选样本。若疑似存在厌氧细菌病原体（尤其是慢性中耳、乳突或腮腺感染），则需采用厌氧运送方式。

由外源性病原体（非口腔微生物群组成）引起的感染包括恶性外耳道炎、外耳道炎、动物咬伤、外伤、放射性烧伤以及手术操作并发症[66、67]。鳞状上皮微生物群和环境病原体是此类感染的重要病因；最常见的是革兰氏阴性杆菌，如铜绿假单胞菌，以及葡萄球菌。需进行需氧和厌氧细菌培养，偶尔还需进行真菌和分枝杆菌培养，以明确具体病因。革兰氏染色、真菌染色及分枝杆菌染色应配合相应的培养检查一同开具。

表11和12列出了头颈部最常见的软组织和组织间隙感染，这些感染均起源于牙源性、口咽源性及外源性来源。文中提供了针对每种疾病确立病因学诊断的最佳方法。

五、眼部感染

随着眼科干预手段的不断进步、新型眼部病原体的出现、抗菌药物耐药性的上升以及新型抗菌制剂的研发，眼部感染的种类和复杂性持续增加。疾病的范围从局部用药治疗的浅表感染，到需要积极手术干预和肠外抗菌药物治疗的威胁视力的深部感染不等。眼睛的显微解剖结构复杂，每个部位的致病病原体存在细微差异，且诊断建议通常基于少量临床标本的研究[68]。这包括眼周解剖结构的感染（结膜炎、睑缘炎、泪小管炎、泪囊炎、眼眶及眶周蜂窝织炎）、眼表感染（角膜炎）以及眼内液和内部结构的感染（眼内炎和葡萄膜炎/视网膜炎）[68]。部分感染可通过眼科检查做出临床诊断；然而，临床微生物学实验室在从少量且通常不可替代的眼部样本中优化诊断效率方面，发挥着日益重要的作用[68]。

眼部感染诊断相关的挑战包括：样本量有限、标本不可替代、需床边接种、样本采集前已使用抗菌药物、病原体种类多样且需要特定的采集与运输条件、需解决从偏远地区快速转运的物流问题，以及眼部解剖学/病理生理学培训不足。眼科医生与微生物学家的密切协作是应对这些挑战的关键。

标本采集与运输

来源、类型和疑似感染信息对于对小体积样本进行分类以获得具有临床指导意义的结果至关重要。若未收到此类信息，必须联系医护人员进行进一步说明。这一点尤为重要，因为所有主要病原体类别——病毒、寄生虫、细菌、分枝杆菌和真菌，均可能引发眼部感染[68]。流行病学特征和临床表现均被用于缩小目标病原体范围及确定所需的实验室检测项目[68]。若收到的样本体积不足，可添加报告备注，注明“样本已培养；体积不足以实现最佳病原体检出”。实验室应尽一切努力在取消检测申请前或取消时联系医护人员。眼科医生采集的样本大多包括：溃疡拭子、角膜刮取物、活检组织、前房穿刺抽吸物或玻璃体穿刺抽吸物/冲洗液[68]。

鉴于眼内液量有限且检测项目日益复杂，优先将样本直接提交至实验室[68]。由于样本量较小，实验室与眼科可协商在床边对标本和涂片进行接种。在此情况下，实验室应建立一套系统，提供培养基和载玻片供外科医生随时取用，并与医护人员协作，确保材料不会过期且符合所有质量控制标准[68]。开发带有清晰标签的培养基和采集装置的诊断试剂盒，同时附上制备载玻片和接种平板的操作说明，可优化样本采集流程。培养基的选择和平板接种顺序需与实验室协商确定，并遵循Leal等人近期更新并经审核的实用指南[68]。此外，应在试剂盒说明书中为临床医生提供培养基的接种顺序。为避免在样本排序、报告出具和结果解读方面产生混淆，不同来源的样本应使用独立的平板，并由实验室分别进行分析。尽管这种做法偶尔会被采用，但在同一平板上用不同标记方式（如分别用水平和垂直条纹代表右眼和左眼结膜，用“R”“L”“C”分别代表右眼结膜、左眼结膜和角膜）接种多个来源样本的做法并不理想[68]。

前房或玻璃体抽吸液是检测眼内感染的最佳样本。液体应使用原容器（例如，移除针头的注射器）运送，或注入尺寸合适的无菌标本容器中，以避免不必要的标本损耗（例如，附着在容器壁、使用过大的注射器）[68]。组织、异物、人工晶状体以及采集在无菌滤纸上的标本应完整运送，并用无菌生理盐水湿润[68]。若需进行厌氧培养，液体应在无多余气体的密闭注射器中运送，并尽快送至实验室[68]。若运输时间超过2小时，组织应置于厌氧运输装置中。病毒培养仅适用于难治性病例，样本需使用通用运输培养基送检，并在室温下2小时内完成运送[68]。

直接显微镜检查（包括革兰氏染色、用于真菌和棘阿米巴的卡尔科弗卢尔荧光增白剂染色，或用于沙眼衣原体的直接荧光抗体染色）可用于初步诊断。由于样本量较小，组织必须放置在洁净的毛玻璃载玻片上1平方厘米的划定区域内，并置于塑料载玻片架中送检[68]。灰尘和纸板材料可能引入伪影和纤维，这些物质会自发荧光或与卡尔科弗卢尔荧光增白剂等试剂结合，从而增加载玻片判读的难度[68]。每种所需的染色均需准备一张载玻片。直接检查前，需采用细胞离心浓缩法对眼液进行浓缩。

尽管目前没有任何分子检测获得美国食品药品监督管理局（FDA）批准用于眼部标本检测，但核酸扩增试验（NAAT）被推荐用于诊断眼部沙眼衣原体感染和病毒感染，许多服务于大型眼科诊疗机构的学术医疗中心以及商业参考实验室均可开展该检测[68]。眼部染料和麻醉剂会抑制核酸扩增试验及病毒培养，因此在采样前用无菌、无抑菌剂的生理盐水彻底冲洗眼部至关重要[68]。尽管eSwab保存液能提高厌氧菌和苛养菌的存活率，但它也会对宿主细胞产生细胞毒性，不可用于病毒培养[63、64]。同样，棉签中的油脂会干扰核酸扩增试验[68]。病毒培养推荐使用通用运输培养基（UTM）。若使用拭子，仅涤纶拭子、人造丝拭子和絮状拭子可用于分子检测。病原体测序的样本采集和运输要求与其他分子检测的相关描述一致[68]。

样本处理

采用二分分类系统来思考眼部感染的实验室诊断是有帮助的，该系统可明确区分两类眼部部位：一类是共生微生物群的分离可能代表正常微生物群的部位（第一组——眼外部），另一类是这些微生物的分离更可能代表真正感染的组织部位（第二组——眼内部）。

第一组-眼外部

感染累及非无菌性眼外结构：结膜炎、泪囊炎、睑缘炎、泪小管炎以及隔前和隔后蜂窝织炎。对脓性病灶以及堵塞的导管内排出的凝结物进行培养，检出率最高，尤其是对于厌氧细菌，例如放线菌属</b> [68]。不应使用棉拭子和海藻酸钙拭子，因为棉纤维中的脂肪酸以及海藻酸钙拭子中的胶体会抑制细菌生长，尤其是奈瑟菌属</b>菌种 [68]。关于絮凝拭子的使用数据有限，但与其他采样部位一样，该技术有望提高吸附能力 [69]。对干燥病灶进行采样时，可使用经无菌生理盐水预湿的拭子 [68]。表13列出了第一组——眼外标本中最常见的病原体。

第2组-眼内

感染累及无菌的眼球内部结构：眼内炎、角膜炎、前葡萄膜炎（前房）、后葡萄膜炎（后房）和视网膜炎。尽管角膜属于眼表的一部分，但其被视为无菌部位，归为第2组[68]。标本通过侵入性方法获取，包括组织、活检样本、刮取物、抽吸物、眼内液和手术冲洗液。手术刀片、木村铂刮匙以及25号、27号或30号针头（有时尖端弯曲）常被使用，可直接接种至液体或固体培养基中[68]。表14和15列出了第2组——眼球内部标本中最常见的病原体。

直接镜检

革兰氏染色具有较高的阳性预测值，但由于样本量有限且患者此前接受过抗菌治疗，其敏感性较低[68]。实验室应注意存在伪影的可能性，例如小型圆形色素性虹膜黑色素颗粒可能模拟细菌球菌[68]。改良抗酸染色和抗酸染色法使用频率较低，但可能有助于鉴定诺卡菌属（Nocardia）和分枝杆菌，尤其是在准分子激光原位角膜磨镶术（LASIK）后或对标准抗菌药物无反应的创伤性角膜炎病例中[68, 70]。吉姆萨染色可显示与衣原体（Chlamydia）感染、棘阿米巴（Acanthamoeba）包囊相关的细胞内包涵体，或病毒致细胞病变效应[68, 71, 72]。荧光增白剂染色可使微孢子虫、酵母菌、菌丝体和阿米巴包囊显色[68, 73, 74]。

抗原检测

可用于腺病毒的CLIA豁免酶免疫测定法，有助于减少不恰当的抗生素使用，增强临床医生对局部类固醇使用的信心，促使医生排查其他诊断，并让患者能够安全返岗[75-77]。

培养

为简化培养方法，第1组和第2组标本应接种至同一培养基，培养相同时长[68]。优先选择角膜刮取物和眼部分泌物，而非拭子[68]。刮取物、拭子和少量液体（1–200微升）需划线分离，组织在接种至合适培养基前，需用无菌剪刀或解剖刀切碎[68]。若收到足量液体（如冲洗液或灌洗液），需对液体进行离心，取沉淀物接种培养基，或通过0.45或0.22微米的无菌滤膜过滤，收集滤膜并进行培养[68]。与传统培养相比，在儿科血培养瓶中进行玻璃体液（0.1–3毫升）培养可进一步提高灵敏度，但这种超说明书使用需经过验证，且并非常规可开展[78，79]。大多数与眼部感染相关的细菌和酵母菌可在48–72小时内生长。若怀疑医源性感染，需通知实验室，以便延长培养时间，助力痤疮丙酸杆菌(C. acnes)和分枝杆菌的分离[68，80]。若怀疑淋病奈瑟菌(N. gonorrhoeae)，也需及时通知实验室，因为可能需要添加额外的选择性培养基。培养仍是诊断眼部结核的金标准[68，78]。在研究场景中，眼部液体的核酸扩增试验（NAATs）灵敏度为56%，低于培养法[68]。病毒培养仅适用于难治性单纯疱疹病毒（HSV）、水痘-带状疱疹病毒（VZV）或巨细胞病毒（CMV）病例，且仅限专业参考实验室开展[68，81]。棘阿米巴(Acanthamoeba)可在参考实验室的非营养琼脂培养基上，通过细菌菌苔进行培养，但核酸扩增试验（NAATs）更快、灵敏度更高[82]。确诊与隐形眼镜相关的感染性角膜炎，需从感染组织中分离出病原体。不推荐对隐形眼镜镜盒及附属物品进行培养，原因是其携带率多为暂时性，且可能错误地将感染归因于需要不同治疗方案的病原体[68]。

角膜边缘

供体角膜移植片储存在含有抗菌剂但不含抗真菌剂的特殊保存液中。角膜缘培养可检测出酵母菌，在部分培养阳性患者（3%–14%）中，这些酵母菌可能会导致器官受者发生具有临床意义的真菌性角膜炎[83]。由于术后角膜移植感染的总体发生率极低，且对所有供体角膜缘进行培养的成本高昂，目前尚无正式指南指导角膜缘培养的使用，该决策应在机构层面结合眼科和微生物学专业人员的意见共同制定[83]。由于移植后真菌感染在接受内皮角膜移植术的患者中最为常见，因此仅对用于此类手术的供体角膜进行角膜缘真菌培养可能更为稳妥[83–85]。所有标本均应送至实验室，大样本浸泡在无菌生理盐水中，小样本置于两块浸湿生理盐水的无菌纱布之间[68]。

药敏试验

用于治疗眼部感染的抗菌药物浓度可能比全身给药时高出数个数量级。美国食品药品监督管理局（FDA）、临床和实验室标准协会（CLSI）以及欧洲抗菌药物敏感性试验委员会（EUCAST）的折点均基于接受全身抗菌药物治疗患者的临床结局数据，因此这些折点不适用于眼部分离株[86、87]。因此，选择对眼部分离株进行抗菌药物敏感性试验的实验室可能会报告最低抑菌浓度（MIC）值和范围，但不给出判读结果[68]。许多用于治疗眼部感染的药物，尤其是局部用药，未纳入商业敏感性检测平台，未在临床实验室中进行常规检测，也缺乏可解释的折点[86、87]。对于细菌、酵母菌和霉菌，均不应提供判读结果[68]。抗病毒药物敏感性检测仅限专业参考实验室开展，对于难治性单纯疱疹病毒（HSV）、水痘-带状疱疹病毒（VZV）和巨细胞病毒（CMV）眼部感染可能具有辅助价值[68、88]。

分子检测

应直接对眼内液进行分析，以检测病原体的存在[68]。目前尚无美国食品药品监督管理局（FDA）批准的用于眼部标本的核酸扩增测试（NAATs），且大多数临床实验室无法获取足够的阳性临床样本来验证内部开发或商业检测方法。然而，商业参考实验室以及为大型眼科诊疗机构提供服务的部分医院实验室，会采用经过验证的实验室自主开发检测（LDT）对眼部标本进行分子检测，其中部分检测方法已获FDA批准用于其他标本类型[68]。与传统培养法相比，核酸扩增测试（NAATs）对大多数眼部病原体的敏感性更高[68，89]。对于不属于正常眼表微生物群的病原体（如沙眼衣原体），其检测特异性大于99%；但对于共生微生物群（如痤疮丙酸杆菌）的分子检测，特异性会显著下降，这类病原体可能是无辜旁观者，也可能并非如此[68]。核酸扩增测试（NAATs）在明确由苛养菌引起的培养阴性眼内感染的病因方面具有特别重要的意义[68]。文献中记载了许多未获FDA批准的单重和多重聚合酶链反应（PCR）检测方法。简而言之，单纯疱疹病毒（HSV）和水痘-带状疱疹病毒（VZV）的核酸扩增测试（NAATs）应用最为广泛，且对活动性感染具有较高的敏感性和特异性[68]。对于巨细胞病毒（CMV）、EB病毒（EBV）和人疱疹病毒6型（HHV-6）等普遍存在的共生病毒，核酸扩增测试（NAATs）的检测结果需结合临床情况仔细分析，因为这些病毒既可能处于潜伏状态，也可能引发活动性疾病[68]。麻疹[90]、寨卡病毒[91]、登革热病毒[92]、基孔肯雅热病毒[92]和埃博拉病毒[93]引发的眼部感染，通常会伴随特征性的临床综合征出现。在此情况下，通过其他标本类型（通常为血液）进行病毒检测和/或血清学确认，即可作为眼部受累的充分证据。地区公共卫生实验室和/或美国疾病控制与预防中心（CDC）可提供针对所有这些病原体的聚合酶链反应（PCR）检测。若临床怀疑埃博拉、麻疹及其他高传染性病原体感染，需立即向公共卫生合作方通报，并采取适当的感染预防措施[94]。由沙眼衣原体引起的沙眼，主要依据临床表现进行诊断，但也可使用商业核酸扩增测试（NAATs）辅助确诊[95]。

现有文献中不乏案例证明，下一代测序技术（NGS）——尤其是宏基因组学——具有不依赖目标病原体的检测潜力，能够识别出未被怀疑的病原体，例如在一名患有超过20年慢性双侧特发性葡萄膜炎的患者体内检测到眼内风疹病毒感染[96]。然而，高昂的成本和较低的检测量限制了下一代测序技术在大多数临床微生物实验室中的应用。尽管与学术机构和商业参考实验室相关的专业实验室已验证下一代测序技术可用于脑脊液、血液和呼吸道样本的临床检测，但目前针对眼部样本的下一代测序检测在患者诊疗中的应用，仍仅限于专业实验室。

血清学检测

眼部梅毒通过临床体征、脑脊液性病研究实验室（VDRL）试验阳性以及血清快速血浆反应素（RPR）滴度高且结合螺旋体特异性抗体检测来确诊[97]。确诊由伯氏疏螺旋体引起的视网膜炎或葡萄膜炎，最好结合临床症状和相符的血清学检测结果[98]。慢性弓形虫眼部感染通过眼内血清学检测结合临床体征进行诊断；然而，当抗体水平较低且病原体载量较高时（如早期急性感染或免疫功能低下状态），核酸扩增试验（NAATs）显示出更高的灵敏度[99，100]。关于诊断眼部蠕虫感染和节肢动物感染等罕见病症的方法的全面综述，读者可参考 Leal 等人近期发表的综述[68]。

眶隔前蜂窝织炎与眼眶蜂窝织炎

表13列出了引起眶隔前蜂窝织炎和眼眶蜂窝织炎的最常见病原体。

眶隔前蜂窝织炎

隔前蜂窝织炎的特征为眼睑、结膜及周围皮肤发生炎症，未累及深部组织，且眼球运动时无疼痛。症状包括眼睑红斑、皮温升高、压痛，以及可延伸至鼻桥并波及对侧眼睑的波动性淋巴水肿或肿胀，通常伴有低热和白细胞计数升高。患者常有鼻窦炎、昆虫叮咬、泪囊炎、局部皮肤擦伤、裂伤、牙源性脓肿或穿刺伤病史[68]。对开放性伤口、渗出性水疱、脓性鼻分泌物和结膜分泌物进行培养，常可检出金黄色葡萄球菌、β溶血性链球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌和/或铜绿假单胞菌，及时治疗通常可获得良好预后[68]。

眼眶蜂窝织炎

所有眼眶蜂窝织炎病例均应视为可能危及视力的医疗急症，需要立即进行诊断检查和治疗。眼眶蜂窝织炎的特征是眼周深部组织发炎，表现出结膜水肿与充血、眼球运动受限、眼球转动时疼痛等严重临床症状[68]。其他症状还包括视力模糊、头痛、复视、眼睑水肿、红斑、皮温升高、压痛、眼球突出、发热、脓性分泌物和感觉减退。主要病因包括：鼻旁窦直接蔓延、牙源性脓肿或皮肤感染，此外还有外伤、术后并发症或血行播散[68]。治疗需住院静脉输注抗生素、进行影像学检查，并立即请眼科/耳鼻喉科、神经外科或感染科医师会诊[68]。若眼眶张力增高且空间狭窄、出现视神经病变或眼内压危险升高，则需立即进行手术干预[68]。对开放性伤口、脓性引流物和手术中获取的组织进行培养是诊断眼眶蜂窝织炎的最佳方法。细菌性致病菌包括葡萄球菌属、链球菌属、流感嗜血杆菌、铜绿假单胞菌、拟杆菌属及其他环境革兰氏阴性杆菌[101，102]。若静脉抗菌药物治疗无效或形成骨膜下脓肿，则需手术干预以清除细菌感染[68]。对于侵袭性霉菌感染（如鼻黏膜毛霉菌病）也需手术治疗，糖尿病控制不佳的患者必须排除此类感染[68]。所有眼眶蜂窝织炎患者均需监测并发症，包括海绵窦血栓形成、脑膜炎及向脑实质蔓延[101]。

眼睑与泪道系统感染

表13列出了引起泪器和眼睑感染的最常见病原体。睑缘炎、泪小管炎和泪囊炎均为浅表感染，通常具有自限性[68]。这些部位的培养物很少用于诊断检查，且常以共生菌群为主，难以明确其明确的致病作用[68]。涉及的病原体包括革兰阳性皮肤菌群，如金黄色葡萄球菌、其他葡萄球菌属菌种、肺炎链球菌、白喉杆菌，以及痤疮丙酸杆菌（C. acnes）和放线菌属菌种等厌氧菌；革兰阴性菌，如流感嗜血杆菌和铜绿假单胞菌；快速生长分枝杆菌；还有较少见的念珠菌属菌种。排出的凝结物和黏液脓性物质可提高诊断特异性，建议进行检测[68]。用于治疗干眼症的泪点栓与铜绿假单胞菌及快速生长分枝杆菌相关[103]。共生螨和虱与睑缘炎相关，这些眼周结构也是人类蝇蛆病的相对常见发病部位[104，105]。

结膜炎 表13 列出了引起结膜炎的最常见病原体。结膜炎可单独发生，也可继发于其他眼部炎症病因。其特征为球结膜和/或睑结膜/睑板结膜出现“红眼”（即明显的结膜充血），常伴有眼部不适和分泌物 [106]。根据典型的临床表现，通常无需进行诊断性检查 [68]。病毒性结膜炎多为双侧性，伴有大量水样分泌物，且有明确的接触史。过敏性结膜炎均为双侧性，伴有水样分泌物和少量灰白色黏液丝，且存在相关的诱因暴露史。相比之下，细菌性结膜炎多为单侧性，分泌物多为脓性，晨起时眼睑会粘连。

腺病毒是病毒性结膜炎最常见的病因（占比34%–80%）[106、107]。治疗方法包括缓解症状、避免与他人接触、勤洗手以及不共用个人物品。若出现膜形成或角膜受累的严重感染，可酌情使用局部糖皮质激素。床旁抗原检测已可实现，其结果有助于判断是否使用抗炎药物。糖皮质激素会促进病毒复制、增加继发感染风险、延缓病毒清除，还可能加剧病毒性结膜炎的社区流行规模。肠道病毒和柯萨奇病毒会引发类似的临床综合征[108]。单纯疱疹病毒（HSV）和水痘-带状疱疹病毒（VZV）的再激活较少见，也可能累及结膜，若出现严重感染，则需使用全身性抗病毒药物[109]。

当进行检测时，细菌培养常因先前使用经验性抗菌治疗而受到影响[68]。在成年人中，金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌和流感嗜血杆菌是细菌性结膜炎最常见的致病菌，而在儿童中则以流感嗜血杆菌、肺炎链球菌和莫拉菌属最为常见[68]。从结膜中分离出的凝固酶阴性葡萄球菌、棒状杆菌属以及草绿色链球菌等共生微生物通常被视为非致病性的“正常菌群”，仅在严重或顽固性感染时才使用局部抗菌药物治疗[68]。在发达国家，沙眼衣原体与新生儿及性传播结膜炎相关，是发展中国家感染性失明（沙眼）的主要病因[110]。也有报道肺炎衣原体和鹦鹉热衣原体引起的罕见感染[111]。淋病奈瑟菌性结膜炎是一种进展迅速的医疗急症[68]。高危人群包括新生儿、婴儿以及有性活跃行为的成年人[68]。为减轻眼部的快速损伤，应尽一切努力在1小时内出具眼部标本的革兰染色报告[68]。全球范围内淋病奈瑟菌感染的发病率呈上升趋势，且已出现对标准抗菌药物耐药的菌株[112–114]。新生儿结膜炎也可由阴道分娩时接种的单纯疱疹病毒引起，尽管罕见，但铜绿假单胞菌可导致住院婴儿出现危及生命的新生儿结膜炎[68, 110]。微孢子虫感染在免疫抑制宿主中表现出与病毒性角膜结膜炎相似的症状，且与人类免疫缺陷病毒（HIV）感染、温泉、游泳池、接触性运动以及土壤接触相关[68, 115]。

角膜炎

表14列出了导致感染性角膜炎的最常见病原体。所有疑似感染性角膜炎的患者均应立即转诊至眼科医生处，以对这一威胁视力的急症进行诊断和治疗。角膜炎的特征是角膜发生炎症[68]。它是全球第四大致盲原因，与隐形眼镜使用不当、外伤、干眼症、慢性眼表疾病、局部皮质类固醇使用、眼睑异常、角膜感觉减退以及医源性术后感染有关[116，117]。症状包括眼红伴轻至重度疼痛、畏光、视力下降以及脓性分泌物[68]。若任其发展，可能出现严重瘢痕、角膜变薄、穿孔或眼内炎，并进展为不可逆失明和/或眼球破裂，进而导致眼球内容物剜出或眼球摘除[68]。需注意的是，染料和局部麻醉剂的使用可能会抑制用于诊断角膜炎的核酸扩增试验反应，因此在采集标本前，应用非抑菌盐水彻底冲洗眼表[68]。刮取角膜组织或对病变组织进行活检是分离细菌、分枝杆菌、真菌和阿米巴原虫的最佳方法。拭子可用于病毒病因的分子检测，但对于其他病原体的分离效果欠佳。

在工业化国家，感染性角膜炎发生的最常见诱因是隐形眼镜（CL）护理系统的不当使用或污染。常见风险因素包括：佩戴隐形眼镜时睡觉和游泳、卫生习惯差，以及将长戴型隐形眼镜使用时间超出推荐间隔 [117、118]。隐形眼镜护理液和镜盒会短暂滋生环境细菌、共生酵母菌、霉菌、分枝杆菌和阿米巴原虫，但只有其中一小部分微生物会引发角膜炎，且由于假阳性率较高，不应对其进行培养 [68]。铜绿假单胞菌是与隐形眼镜相关的角膜炎的最常见病因，但由镰刀菌和棘阿米巴原虫共同引发的与隐形眼镜相关的疫情也有充分记载 [68、119、120]。

在工业化国家的农业环境中，外伤是角膜感染的主要途径，同时也是发展中国家致盲的重要原因[68]。该病最常见的病原体来自环境，包括铜绿假单胞菌、诺卡氏菌属、非结核分枝杆菌，以及镰刀菌属、曲霉属、弯孢菌属等霉菌及其他暗色真菌[68]。角膜炎的其他罕见病因还包括：微孢子虫、自生生活的哈氏阿米巴和瓦纳阿米巴、原壳藻以及腐霉卵菌[121, 122]。

术后角膜炎并不常见，但后果可能十分严重，会导致显著的永久性视力下降[123、124]。常见的致病菌包括：金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、痤疮丙酸杆菌、中枢神经系统相关菌株、草绿色链球菌、β溶血性链球菌、白喉杆菌、铜绿假单胞菌、粘质沙雷菌、莫拉菌属菌种、白色念珠菌以及曲霉属菌种[124-127]。蜡样芽孢杆菌眼部感染具有极强的侵袭性，被视为医疗急症[68]。chelonae分枝杆菌的暴发已有详细记载，且与受污染的水源相关[68、128]。由于角膜保存液中缺乏抗真菌药物，约80%的角膜移植术后角膜炎由念珠菌属菌种引起[129]。角膜炎也可由单纯疱疹病毒（HSV）和水痘-带状疱疹病毒（VZV）再激活引发，同时是牛痘（牛痘）疫苗接种的一种公认且后果严重的并发症[68、130]。

眼内炎

表15列出了引起眼内炎、全眼球炎、葡萄膜炎和视网膜炎的最常见病原体。所有眼内炎病例均应被视为可能威胁视力的医疗急症，需要迅速进行诊断检查和治疗。眼内炎的特征是玻璃体内发生炎症[131]，且病情严重。症状包括：疼痛、视力下降、眼睑和/或角膜水肿、结膜充血水肿及充血、玻璃体炎，以及/或前房积脓（前房内的白细胞池，显微镜下可见，有时肉眼也能看到）。该病可由局部感染直接蔓延（外源性）或血行播散（内源性）引起。大多数标本体积较小，检测优先级的确定至关重要[131、132]。玻璃体切除术通过用非抑菌盐水“冲洗”玻璃体来收集大量液体（>5毫升），可能需要浓缩处理以提高检出率[68]。

外源性

外源性眼内炎由眼表或眼周感染蔓延至眼内、异物穿透性外伤、术后操作或玻璃体内注射引起[68、131]。多数（约70%）病例与近期眼部手术相关，包括白内障手术、准分子激光原位角膜磨镶术、角膜移植术、小梁切除术以及青光眼引流植入物手术，其致病菌多为革兰氏阳性菌，包括凝固酶阴性葡萄球菌（CNS）和痤疮丙酸杆菌（C. acnes）[68、129、131]。异物所致眼内炎的致病菌通常为皮肤共生菌群，如CNS、链球菌属（Streptococcus）菌种、金黄色葡萄球菌（S. aureus）和芽孢杆菌属（Bacillus）菌种，以及铜绿假单胞菌（P. aeruginosa）、诺卡菌属（Nocardia）菌种和分枝杆菌等环境微生物[68、131、133]。植物性外伤会增加霉菌感染的风险[131、134]。玻璃体内药物注射（如用于治疗黄斑变性和糖尿病视网膜病变的人源化单克隆抗体）的应用日益广泛，此类操作与多种非发酵葡萄糖菌引发的暴发疫情相关，包括铜绿假单胞菌（P. aeruginosa）、肠杆菌目（Enterobacterales）菌种及霉菌[68、135]。感染从邻近组织蔓延至眼球后部时，致病菌多为此前从眼周样本中分离出的同种微生物。不过，对玻璃体进行培养、分子生物学或血清学检测是明确外源性眼内炎感染病因最直接的方法。

内源性

内源性眼内炎是细菌、真菌、病毒和寄生虫血行播散定植的结果[136]。危险因素包括：静脉留置导管、免疫抑制、静脉药物滥用、糖尿病以及播散性感染病史[136，137]。致病菌与血流感染最常见的病因一致，包括白色念珠菌及相关酵母菌、地方性真菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、铜绿假单胞菌和肠杆菌科细菌，尤其是肺炎克雷伯菌[68]。任何出现内源性眼内炎体征和症状的患者，均应评估是否存在当前或既往的全身感染。尽管既往全身感染史会显著增加同一病原体引发眼后段感染的可能性，但明确鉴定病原体需对玻璃体液进行培养、分子或血清学检测。

全眼球炎

全眼球炎是一种医疗急症，致病菌可能包括金黄色葡萄球菌、β-溶血性链球菌、蜡样芽孢杆菌、梭菌属脑膜炎奈瑟菌、铜绿假单胞菌以及肺炎克雷伯菌，尤其是高黏度菌株[68]。炎症会累及整个眼球，包括巩膜及邻近的眼外组织，通常由眼周组织直接蔓延或血行播散引起[68]。症状包括：严重眼睑水肿、结膜水肿、眼球突出、瞳孔固定以及眼球活动受限。若巩膜受累严重，可能出现变薄和穿孔，进而导致眼球丧失。尽管及时使用抗菌药物和糖皮质激素可避免眼球摘除或眼内容剜除术，但视力恢复的预后仍很差[68]。

葡萄膜炎/视网膜炎

葡萄膜炎/视网膜炎的炎症特征通常由自身免疫性疾病或特发性因素引起。其由感染导致的情况极为罕见，而感染几乎总是由内源性微生物通过血-眼屏障的破损侵入眼部所致。由于葡萄膜炎和视网膜炎与内源性眼内炎一样，是全身性感染的局部表现，因此在诊断全身性感染的病因时，应结合仔细的眼部检查，最好由具备特定传染病专业知识的眼科医生进行。要明确诊断前葡萄膜炎、中间葡萄膜炎和全葡萄膜炎的感染性病因，需对前房房水进行培养、分子或血清学分析。对后房玻璃体进行类似分析，是确定后葡萄膜炎微生物病因的最佳方法。葡萄膜炎/视网膜炎的重要病因包括弓形虫、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、水痘-带状疱疹病毒、结核分枝杆菌和梅毒螺旋体[68]。

葡萄膜炎

葡萄膜炎是葡萄膜（由脉络膜、虹膜和睫状体构成）任一部位发生的炎症，按解剖结构可分为以下几类：前葡萄膜炎——前房为主要炎症部位；中间葡萄膜炎——主要累及周边视网膜并伴有上方玻璃体炎症；以及后葡萄膜炎，其主要累及后视网膜、玻璃体和/或脉络膜。全葡萄膜炎则累及所有葡萄膜结构。症状包括眼红眼痛、畏光、视力模糊和飞蚊症[138]。葡萄膜炎可由外伤、自身免疫性疾病、肿瘤、特发性炎症和感染引发[138]。由于葡萄膜炎、视网膜炎与内源性眼内炎一样，均为全身性感染的局部表现，因此诊断全身性感染的病因时，应结合由具备特定传染病专业知识的眼科医生进行的细致眼部检查。弓形虫、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒和水痘-带状疱疹病毒是最常见的致病原[138]。罕见的病毒性致病原包括西尼罗病毒、登革热病毒、基孔肯雅病毒、裂谷热病毒、寨卡病毒和埃博拉病毒[68]。葡萄膜炎也可由节肢动物传播的疏螺旋体属菌和立克次体属菌引发[139]。男男性行为人群中的眼梅毒病例呈上升趋势[68、140、141]，而结核分枝杆菌所致葡萄膜炎仍是全球性重大健康问题[78、142]。儿科患者还需考虑风疹病毒和弓首线虫属菌致病的可能[68]。

视网膜炎

视网膜炎是神经感觉性视网膜的炎症。症状包括畏光、视力模糊、眼痛和飞蚊症。刚地弓形虫和巨细胞病毒是最常见的病原体 [143、144]。弓形虫病占所有局灶性坏死性视网膜炎的约90%。其特征为出现“雾中车灯”样视网膜病变，可结合核酸扩增试验和眼内血清学检查，按上述方法进行诊断 [68]。巨细胞病毒性视网膜炎通常可根据眼科检查发现的特征性病变做出临床诊断 [68]。病毒载量可检测到的患者发生视网膜病变进展的可能性更高 [145]。由于不同实验室的病毒定量检测方法存在差异，巨细胞病毒阳性载量和高载量的判定标准在各实验室间可能有所不同 [146]。医师应咨询进行巨细胞病毒载量检测的实验室，以获取检测结果解读的相关协助。

VI. 皮肤和软组织感染

皮肤感染通常被称为皮肤和软组织感染（SSTIs），当皮肤的保护机制失效时就会发生这种感染，尤其是在因过度潮湿、血液灌注不良或其他破坏角质层的因素导致外伤、炎症和浸渍后。皮肤和软组织感染通常分为单纯性（非复杂性）或复杂性（坏死性或非坏死性），可能累及皮肤、皮下脂肪、筋膜层和肌腱肌肉结构 [147]。因此，皮肤及皮肤结构的任何受损都会为多种外源性和内源性微生物菌群提供入侵途径，进而引发各类感染。皮肤和软组织感染通常可分为脓皮病、与皮肤基础疾病相关的感染以及坏死性感染。简言之，皮肤和软组织感染从单纯的浅表感染到严重的坏死性感染不等。典型的原发性皮肤感染或非复杂性病变包括蜂窝织炎、深脓疱病、脓疱疮、毛囊炎、疖病和丹毒，这些感染通常由少数几种化脓性细菌引起，即金黄色葡萄球菌、化脓性链球菌（A族链球菌）。继发性感染通常是原有病灶（外伤或手术伤口、溃疡）的延伸，这些病灶是微生物病原体的主要入侵门户，且多为多菌种感染（需氧菌与厌氧菌混合），累及皮下组织。糖尿病足感染（DFI）通常继发于神经性溃疡引发的伤口。厌氧菌是糖尿病足感染中重要且占主导地位的病原体，在选择治疗方案时必须予以考虑。大多数糖尿病足感染为多菌种感染，但革兰氏阳性球菌（尤其是葡萄球菌）是主要病原体；铜绿假单胞菌是大多数慢性糖尿病足感染中的主要病原体。此类伤口（包括压疮）的表面培养价值有限，因为培养出的是定植微生物，难以与潜在病原体区分。在彻底清创后进行组织活检（优选全层活检），或通过清创部位获取骨活检，是获取临床相关信息的最佳方式 [148、149]。坏死性皮肤感染（如坏死性筋膜炎）通常由链球菌引起，少数情况下由耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）或克雷伯菌属引起，但也常为多菌种感染。此类感染通常发生于肢体穿透性外伤后，往往危及生命，需立即识别并进行干预。极少数情况下，坏死性筋膜炎可在无明确外伤诱因的情况下发生。

对于皮肤和软组织感染的常见类型，在门诊接受治疗的非复杂性感染（蜂窝织炎、皮下脓肿）无需进行培养。对于住院患者，病灶或组织培养是否有助于蜂窝织炎的管理尚不明确，且在此情况下血培养的敏感性较低。对于因深部结构和潜在组织受累风险而需要手术切开引流的患者，应进行培养[150]。

要获得具有临床意义的结果，一个主要且至关重要的因素是确保采集到能反映疾病进程的合适标本。关于获取代表性标本的指南或关键点总结如下：

本节对涉及皮肤和软组织的皮肤感染进行了扩展，并分类如下：创伤相关感染、手术部位感染、烧伤创面感染、真菌感染、病毒感染、人畜咬伤感染以及器械相关感染。尽管金黄色葡萄球菌（尤其是耐甲氧西林金黄色葡萄球菌）和化脓性链球菌是大多数此类感染的致病菌，但真菌、病毒等其他微生物也至关重要，需要采取恰当的医疗和治疗管理措施。临床开单医师熟悉支持实验室提供的服务水平也同样重要。例如，很少有实验室开展用于评估伤口（尤其是烧伤创面）的定量培养，也很少有实验室开展16S核糖体RNA基因PCR/测序（桑格测序和/或下一代测序[NGS]）或其他分子诊断技术，而这些技术相较于基于培养的方法具有更高的灵敏度。下一代测序（16S测序和宏基因组测序）已在骨科外科领域得到广泛应用，该领域通过检测关节液、骨骼或感染部位边缘的多种样本来辅助诊断人工关节感染（PJI）[150]。仅有少数学术医疗中心和商业参考实验室提供16S RNA测序和/或下一代测序服务。若当地微生物实验室无法提供临床指征所需的检测服务或操作，应与实验室主任沟通，以便安排将标本外包给具备资质的持证参考实验室，但需明确检测周转时间（TAT）通常更长，这会延长获取结果的时间。至少应进行革兰氏染色，以评估并明确表面污染（鳞状上皮细胞）或感染（白细胞）的相关指标，同时描述形态型（如链状、成对或簇状的革兰氏阳性球菌、革兰氏阴性杆菌、革兰氏阳性杆菌、革兰氏阴性小型多形性杆菌）。质谱技术，即基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF），已取代传统生化鉴定方法，用于细菌、分枝杆菌和真菌的鉴定。这些系统内的数据库十分庞大，报告中出现许多临床医师可能不熟悉的微生物也并非罕见。这些微生物的临床相关性对医疗服务提供者和微生物学家而言都是一项挑战。开展全面的文献检索是获取相关信息的有效途径，所得信息应与医疗服务提供者、传染病科医师、药剂师以及感染控制和预防人员共享，并以此判断这些微生物是否应被报告或视为皮肤微生物群的组成部分。

烧伤伤口感染

仅依靠临床体征和症状诊断烧伤创面感染难度大且结果不可靠。建议通过创面表面拭子取样（优选组织活检取样）进行培养和组织病理学检查，以监测感染的存在及范围（表16）。推荐对两种标本均进行定量培养；表面拭子的最佳使用需每周对同一部位取样两次，以准确监测细菌定植的趋势。表面拭子定量培养的主要局限性在于，微生物生长反映的是创面表面的微生物群，而非皮下或深层受损组织的进展边缘。拭子存在多项局限性：（a）表面和表层微生物群污染风险更高；（b）样本容量有限（25–50微升），会导致标本量不足，尤其是在除细菌培养外还需进行真菌和分枝杆菌培养时。组织活检的细菌培养应始终辅以组织病理学检查，以更准确地确定微生物侵袭的范围。采集表面样本或组织活检样本前（需确保采集独立的组织样本，一份用于培养，一份置于福尔马林中供组织病理学检查），应彻底清洁创面，且创面不得残留可能影响培养结果的局部抗菌药物。还应采集血培养，以检测创面继发的全身性疾病。

核酸扩增试验（NAAT）用于病毒检测的应用通常仅限于血液和/或体液（水疱液、感染性体液）。检测方应确认实验室已验证此类检测方法，且实验室已评估该检测方法在组织标本中的检测性能。该注意事项同样适用于皮肤和软组织感染（SSTIs）中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）的分子检测以及耐万古霉素肠球菌（VRE）的分子检测；这也适用于市售的多重分子检测平台[151，152]。

人类咬伤伤口感染

人类口腔中存在多种潜在的需氧和厌氧病原体，是人类咬伤后引发感染的主要病原体来源。需考虑的相关病原体包括：艾肯菌属、金黄色葡萄球菌、A群链球菌属、梭杆菌属、消化链球菌属、普雷沃菌属和卟啉单胞菌属菌种，以及人类皮肤微生物群（葡萄球菌属、链球菌属）。其他较为少见的细菌性病原体包括HACEK菌群成员（伴放线聚集杆菌和放线共生放线杆菌；二氧化碳噬纤维菌属、心杆菌属、艾肯菌属以及金氏菌属菌种）。重要的病毒性病原体包括乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、人类免疫缺陷病毒（HIV）和单纯疱疹病毒（HSV）[153-156]。此类感染在儿童群体中较为常见，通常发生在玩耍过程中或由施暴的成年人所致。握拳伤和咬合咬伤通常与成年人相关。咬伤伤口可从浅表擦伤到更严重的表现，包括淋巴管炎、局部脓肿、化脓性关节炎、腱鞘炎和骨髓炎。罕见并发症包括心内膜炎、脑膜炎、脑脓肿以及伴有弥散性血管内凝血（DIC）的败血症，在免疫功能低下患者中尤为常见。

对于临床未感染的咬伤患者，由于培养结果与后续感染情况无相关性，因此不建议进行培养。当出现临床感染迹象时，难点在于获取具有代表性的需氧菌和厌氧菌培养标本，而培养的主要局限性在于伤口的多微生物特性可能导致产生误导性信息。对标本进行革兰染色至关重要，以评估炎症指标（如中性粒细胞）、表面污染物（鳞状上皮细胞）和微生物的存在情况。如前所述（见烧伤创面），拭子并非首选标本；培养和革兰染色优先选择穿刺液和/或组织标本（表17）。

动物咬伤伤口感染

与人类咬伤伤口一样，口腔是潜在病原体的主要来源，因此预期的病原体高度依赖于造成咬伤的动物种类（表18）。由于猫狗造成的咬伤伤口占大多数，在评估患者时最初应重点考虑的两种主要微生物是巴斯德菌属菌种，即犬巴斯德菌和犬咬二氧化碳嗜纤维菌（源自狗），以及多杀巴斯德菌的多杀亚种和败血亚种（源自猫）。其他常见需氧菌包括链球菌、葡萄球菌、莫拉菌属菌种以及腐生奈瑟菌属菌种。动物咬伤伤口本质上常为多种微生物混合感染，其中包含多种厌氧菌。由于动物体内微生物群的复杂性，对表18中未列出的微生物进行培养检测几乎没有意义，因为大多数商业鉴定系统（常规和自动化系统）以及最可能的MALDI-TOF数据库均未收录这些微生物[157-166]。若怀疑狂犬病或B型疱疹病毒感染，请联系当地或州卫生部门，获取后续处理的协助与指导。

尽管由念珠状链杆菌（Streptobacillus moniliformis，在美国最为常见）或小螺菌（Spirillum minus，在亚洲最为常见）引起的鼠咬热较为罕见，但在高达10%的鼠咬案例中，病菌可传播给人类（www.cdc.gov）。这类病菌通常存在于大鼠和其他啮齿动物的口咽部位。

创伤相关皮肤感染

创伤继发感染通常由外源性或环境微生物菌群引起，但也可能由个体的固有（正常）菌群导致。强烈建议在创伤发生后至少48小时提交标本进行培养，因为最初48小时内采集的标本中生长出的微生物，极有可能是创伤事件发生时（如机动车事故、刺伤、枪伤等）获得的环境菌群。获取培养标本的最佳时间是创伤部位清创后立即进行[167-170]。强烈建议初始培养以常见病原体为检测重点，额外检测（包括基于分子的诊断技术）则留作特殊情况下罕见或特殊感染的检测使用（例如：接触海水后检测弧菌属，或初始治疗疗程无效且感染表现为慢性的患者）。

虽然注射吸毒者（PWID）不像外部创伤那样被以同样的方式看待，但他们会自行注射外源性物质，这些物质可能含有孢子和其他污染物，会引发从脓肿到坏死性筋膜炎等多种皮肤和软组织感染（SSTIs）。表19中列出的病原体，再加上索氏梭菌和肉毒梭菌（伤口型肉毒中毒），以及在将唾液用作药物稀释剂的皮下注射者中引发人类咬伤伤口的病原体（表17），均属于此类。