美国农业部基因组研究揭示了H5N1禽流感对奶牛的溢出效应，但数据缺口仍然存在

由美国农业部（USDA）国家兽医服务实验室（NVSL）领导的一个研究小组在一项新的预印本研究中报告说，在科学家于3月下旬确认之前，在多个州感染奶牛的H5N1病毒可能在动物体内传播了4个月，缺失的数据和监测差距增加了未被发现的传播链的可能性。

在第一份发表的报告中，该小组将基因测序结果与流行病学调查中已知的内容交织在一起，该小组表示，无症状的牛群向其他州的移动可能会推动传播，并且他们已经看到了一些可能导致物种间传播的突变变体。该小组昨天在预印本服务器bioRxiv上发表了他们的研究结果。

在H5N1的其他事态发展中，美国农业部昨晚宣布，其对来自受影响州的零售碎牛肉的检测结果为阴性，两个受影响的州 – 密歇根州和科罗拉多州 – 宣布了新的紧急措施。

数据缺口和时间表问题

使用基因组测序的系统发育分析表明，2023 年底，野生鸟类中当前高致病性 2.3.4.4b 分支与低致病性野生鸟类品系之间发生了重组事件，产生了目前在奶牛中传播的 B3.13 基因型。

他们写道，在重组过程中获得的NP基因可能在牛的出现中发挥了作用，并指出NP基因似乎使流感病毒更容易在猪中传播。

他们的分析表明，从牛到家禽的B3.13多达五次，一次到浣熊，两次到家猫，三次到野生鸟类。尽管这些发现与通过畜群迁移到其他州传播的流行病学发现相吻合，但他们强调仍然存在差距。“我们不能排除这种基因型在未采样地点和宿主中传播的可能性，因为现有的分析表明数据缺失，并且受到监测可能会掩盖使用系统发育方法推断的传播，”他们写道。

例如，他们说，来自人类感染的B3.13病毒不会在牛序列中筑巢，这可能表明来自未采样奶牛的病毒是感染源，或者宿主内部的进化足以导致不同的系统发育分组。“然而，最有可能的是，流行病学重要人群中的无症状传播和监测不足推动了这种模式。

他们得出的结论是，B3.13在牛中流行的可能性将影响该病毒的人畜共患风险，并警告说，如果他们看到的低水平哺乳动物适应成为主导，物种间传播的风险将更高。

科学家欢迎新数据

在该小组发表报告后，萨斯喀彻温大学疫苗和传染病组织的病毒学家安吉拉·拉斯穆森（Angela Rasmussen）博士在X（以前称为Twitter）上称赞该小组分享了关键数据。

然而，她说需要更多的信息，例如每个基因组的组织和/或样本类型，这对于了解奶牛如何传播病毒和计划实验以测试传播假设至关重要。“这是一个全员参与的情况，有效应对需要透明度和数据访问，”拉斯穆森写道。

明尼苏达大学传染病研究与政策中心（CIDRAP）主任迈克尔·奥斯特霍尔姆（Michael Osterholm）博士，公共卫生硕士，CIDRAP新闻的出版商，也赞扬了美国农业部小组分享他们的发现，并表示科学界一直在焦急地等待关键信息。

“这将有助于人们更好地了解溢出效应是如何展开的，”他说。

碎牛肉检测H5N1痕迹呈阴性

美国农业部在其更新中表示，它测试了30个零售碎牛肉样本，这些样本来自奶牛群H5N1检测呈阳性的州。这些样本在NVSL进行了聚合酶链反应（PCR）测试，可以识别病毒的痕迹，但不能识别活病毒。所有结果均为阴性。

“这些结果再次证实了肉类供应是安全的，”该机构表示。

美国农业部补充说，美国农业部食品安全和检验局（FSIS）屠宰设施正在对被淘汰的奶牛的肌肉样本进行PCR测试，其农业研究局正在使用碎牛肉中的病毒替代物进行烹饪研究，以检查不同烹饪温度对病毒水平的影响。

密歇根州和科罗拉多州宣布紧急措施

受H5N1疫情影响的两个州昨天宣布了旨在控制病毒传播的紧急措施。

在密歇根州，最近七个县报告了奶牛疫情和家禽大规模疫情，农业和农村发展部（MDARD）宣布了一项非同寻常的紧急措施，要求奶牛场和商业家禽养殖场实施生物安全措施，例如指定生物安全经理，建立清洁程序，并保留车辆和人员的日志点。

该命令还禁止所有哺乳期的牛，直到该州超过60天，没有新的奶牛场检测到。官员们还宣布了对家禽的类似限制，但持续30天没有发现新的发现。

在其他地方，科罗拉多州农业委员会批准了一项旨在限制H5N1传播的紧急规则，该州的农业专员昨天通过了这项紧急规则。科罗拉多州是最近受影响的州，涉及奶牛的疫情，到目前为止，尚不清楚奶牛是如何接触到病毒的。

科罗拉多州农业部在公告中表示，紧急规则要求对跨州移动的哺乳牛进行强制性测试，他们说这允许实施最近的联邦命令，该命令于4月29日生效。