Do vaccines cause chronic diseases?
尽管疫苗明显延长了我们的寿命，但一些人担心疫苗只是用慢性疾病取代了传染病。这些人认为，我们现在不是遭受麻疹、腮腺炎和水痘之苦，而是遭受糖尿病、多发性硬化症和关节炎之苦，这些全都是自身免疫性疾病（即身体自我攻击的病症）。
当然，某些感染会导致身体对自己作出反应。其中一个例子是链球菌性喉炎，它是由化脓性链球菌引起的。一些感染链球菌的儿童会患上一种会严重影响心脏的疾病。这是因为链球菌表面的蛋白质（称为M蛋白）与在心脏上排列的细胞上发现的蛋白质非常相似。当免疫系统对链球菌发生反应时，它也会无意中对心脏做出反应。其结果是一种严重且偶尔会致命的疾病：风湿热。
另一个例子是莱姆病，由伯氏疏螺旋体引起。莱姆病患者会出现一种长寿的复发性关节炎，因为其中一种莱姆病蛋白质就像关节中的蛋白质。由弯曲杆菌引起的肠道感染会导致一种被称为格林-巴雷综合征（GBS）的自身免疫性疾病，它会导致身体攻击神经内壁。
如果感染能导致身体对自身作出反应，那么疫苗也可以做同样的事情。但是疫苗并不能引起自然感染后偶尔发现的自身免疫。例如，多发性硬化症是一种大脑的自身免疫性疾病，身体对覆盖的覆盖做出反应。神经就像被一层薄薄的橡胶覆盖着的电线。但神经不是橡胶，而是被髓磷脂所覆盖，它的主要成分是髓磷脂碱性蛋白。多发性硬化症患者的症状通常在冬天更严重。这是因为流感感染最常发生在冬季，而流感病毒上的一种蛋白质可以模仿髓磷脂碱性蛋白。因此，一些多发性硬化症患者的身体，在对流感病毒做出免疫反应时，也无意中对自己的大脑做出了免疫反应。知道了这一点，一个合理的下一个问题是，流感疫苗能发挥自然流感感染的作用吗？流感疫苗就像一种天然的流感病毒，它都含有类似髓磷脂碱性蛋白的蛋白质。但研究清楚地表明，虽然自然感染会加重多发性硬化症的症状，但流感疫苗不能。这是因为流感疫苗病毒不能繁殖（它不是活的），因此不会诱导几乎必要的免疫反应强度，从而导致身体对自身作出反应。（即使是活的、可以繁殖的鼻喷剂流感疫苗，也不能很好地繁殖，所以，就像被杀死的流感疫苗一样，它也不会导致身体对自身产生反应。）
莱姆病是为什么疫苗不能引起很好的自身免疫反应的另一个例子。如前所述，莱姆病可以导致一种慢性关节炎，基于对细菌表面的蛋白质类似于关节中发现的蛋白质的自身免疫反应。这种细菌表面蛋白被用来制造一种莱姆病疫苗，该疫苗于1998年至2002年在美国上市。很明显的问题是，莱姆病疫苗导致了慢性关节炎吗？为了回答这个问题，我们将成千上万接种过疫苗的人与成千上万的人进行了比较，因为他们不确定接种疫苗的组患关节炎的风险是否更大。它不是。然而，不幸的是，由于毫无根据的安全考虑，这种疫苗没有被广泛接受，因此该公司停止了生产。这是一种现有技术的一个例子，它可以预防疾病和痛苦，但仅仅因为架子上是因为错误信息赢得了胜利。
疫苗已经证明，它们不能引起自身免疫所必需的一联免疫事件。它们一直被证明不会引起多发性硬化症、糖尿病或其他自身免疫性疾病。从历史上看，这一规则的一个例外是1976年为预防疑似流感大流行而接种的猪流感疫苗，大约每10万疫苗接种者中就有一人被发现是导致格林-巴雷综合征的罕见原因。另一个例外是2009年在欧洲使用的一种流感疫苗（大流行病），它被发现是一种罕见的导致嗜睡症的原因，这是一种永久性的清醒障碍。